Com raízes que remontam ao século XVIII e a uma combinação de experiências formativas que viriam a projetar-se na futura Universidade, a U.Porto foi formalmente constituída em 22 de março de 1911, pouco depois da implantação da República em Portugal.

Numa fase inicial, a U.Porto surge estruturada em duas faculdades: Ciências e Medicina. Ainda durante a 1.ª República, são criadas a Faculdade Técnica em 1915 (rebatizada, em 1926, de Faculdade de Engenharia), a Faculdade de Letras em 1919 e a Faculdade de Farmácia em 1925.

O crescimento da U.Porto seria, contudo, travado durante o período de ditadura que vigorou em Portugal entre 1926 e 1974. Logo em 1928, a Faculdade de Letras é extinta, para ser reaberta apenas em 1961. Aliás, só a Faculdade de Economia (1953) foi verdadeiramente fundada de raiz neste período.

Após a Revolução de Abril de 1974, e até ao final do século XX, a U.Porto entra finalmente numa rota de expansão. Às seis faculdades então existentes juntam-se mais oito: o School of Medicine and Biomedical Sciences (1975), a Faculdade de Desporto (1975), a Faculdade de Psicologia e de Ciências da Educação (1977), a Faculdade de Arquitetura (1979), a Faculdade de Medicina Dentária (1989), a Faculdade de Ciências da Nutrição e Alimentação (1992), a Faculdade de Belas Artes (1992) e a Faculdade de Direito (1994).

Atualmente, a Universidade do Porto é uma fundação pública de direito privado que goza de autonomia estatutária, pedagógica, científica, cultural, administrativa, financeira, patrimonial e disciplinar.