A Igreja apresenta sinais alarmantes de conservação, tanto do edificado como do seu recheio artístico.

A história da igreja românica de Paderne é particularmente complexa, em especial a que se relaciona com as suas origens. Na primeira metade do século XII, o local foi sede de um mosteiro feminino, comunidade a que D. Afonso Henriques passou carta de couto (1141), em agradecimento pelo auxílio das monjas na tomada do castelo de Castro Laboreiro.

Ao longo dos séculos, foram escassas as alterações por que o conjunto passou. A principal reforma aconteceu no século XVIII, numa empreitada modesta que pretendeu atualizar esteticamente o interior do templo, através da colocação de um retábulo-mor, de painéis de azulejos e de um órgão. No século XX, as diversas fases de restauro incidiram mais sobre os telhados e os pavimentos, sem alterarem significativamente a estrutura original medieval.

A intervenção na igreja e envolvente do Convento de São Salvador de Paderne resulta de uma candidatura submetida pelo Município de Melgaço ao Programa Operacional Norte 2020, cabendo à Direção Regional de Cultura do Norte o apoio técnico à elaboração do projeto.