Em Cerro do Castelo de Santa Justa, Alcoutim (Faro), localiza-se o povoado calcolítico fortificado, do 3º milénio a.C.; as suas muralhas e torres protegiam no seu interior cabanas de planta circular ou oval. 

Merece uma visita, em Alcalar (Portimão), a necrópole do Neolítico e do Calcolítico, constituída por um conjunto de sepulcros megalíticos. Estes monumentos de "falsa cúpula", conhecidos por "tholos", apresentam câmara circular (por vezes com nichos laterais) e corredor, e são considerados dos mais importantes para o estudo do fénomeno do megalitismo e dos primeiros metalurgistas da Europa.

Outros exemplos são os menires e antas, podendo ser observados nomeadamente o Menir de Aspradantes (Raposeira - Vila do Bispo), o Menir dos Gregórios (Silves) e a Anta da Pedra do Alagar (Ameixial - Loulé).

Caracterizadora desta região é a designada cultura do Bronze do Sudoeste, merecendo especial atenção as necrópoles de cistas, cujo espólio funerário inclui vasos de cerâmica de grande qualidade e armas metálicas (espadas, punhais, machados), facto que parece confirmar a crescente influência e domínio desta área por grupos guerreiros.

Neste período continuavam a ser exploradas as jazidas de cobre, ouro e prata, e muitos dos povoados localizavam-se sobre os anteriores lugares calcolíticos. O desenvolvimento económico é assinalável e o intercâmbio com povos mediterrânicos e da fachada atlântica repercutiu-se, naturalmente, nas várias facetas desta cultura. Testemunhos arqueológicos deste período são as necrópoles da Fonte Santa, em Alte (Loulé) e de Vale de Carro (Albufeira).

Entre as descobertas mais interessantes da Idade do Ferro no Sul de Portugal (Baixo Alentejo e Algarve), estão as características estelas epigrafadas, geralmente ligadas a necrópoles. Mostram uma escrita indígena (a mais antiga da Península Ibérica), que se lê da direita para a esquerda, com arcaicos carateres fenícios, mas onde a frequência de vogais indicia uma língua local não semita. Estes achados com elementos orientalizantes e ibéricos, entre outros, designadamente cerâmicas, confirmam contactos comerciais com povos como os fenícios, gregos e cartagineses.

Toda a importância dos vestígios destes períodos está bem patente também na toponímia. Só para citar alguns desses topónimos, refiram-se: Promontorium Sacrum (Sagres), venerado na Antiguidade; Lacobriga (Lagos) nome que sugere origem celta, e cujo sítio primitivo foi revelado pelos achados efetuados na estação arqueológica de Monte Molião (o começo da sua ocupação remonta aos finais do séc. IV, inícios do séc. III a.C.); Portus Hannibalis (Portimão), supostamente fundada pelo famoso cartaginês Aníbal Barca; Ossonoba (Faro), que já usufruía de direito de cunhar moeda com simbologia própria; Balsa (próximo de Tavira) cujos vestígios encontrados correspondem à atual estação arqueológica da Luz; Baesuris (Castro Marim).